Cẩm nang xử lý Hóa đơn điện tử sai sót và khai bổ sung thuế GTGT năm 2026

Trong quá trình hoạt động, doanh nghiệp khó tránh khỏi các trường hợp hóa đơn điện tử phát sinh sai sót hoặc kê khai thuế GTGT chưa chính xác. Việc xử lý đúng quy định sẽ giúp doanh nghiệp hạn chế rủi ro về thuế, tránh bị xử phạt hành chính và đảm bảo quyền lợi khấu trừ thuế.

Dưới đây là những nội dung quan trọng kế toán cần nắm rõ.

1. Xử lý hóa đơn điện tử sai sót
Căn cứ theo khoản 13, Điều 1 của Nghị định 70/2025/NĐ-CP  Sửa đổi tên Điều 19 và sửa đổi , bổ sung Điều 19 Nghị định 123/2020/NĐ-CP thì

Trường hợp 1: Sai tên hoặc địa chỉ người mua

Đây là lỗi khá phổ biến khi lập hóa đơn điện tử. Doanh nghiệp cần xử lý theo các bước sau:

✅ Thông báo cho người mua về sai sót.

✅ Lập và gửi Mẫu số 04/SS-HĐĐT đến cơ quan thuế.

✅ Không phải lập lại hóa đơn mới.

Lưu ý: Trường hợp mã số thuế của người mua ghi đúng nhưng tên hoặc địa chỉ bị sai thì chỉ cần thực hiện thủ tục thông báo sai sót, không phải hủy hay thay thế hóa đơn.

Trường hợp 2: Sai mã số thuế, tiền thuế, thuế suất hoặc quy cách hàng hóa

Đây là các sai sót ảnh hưởng trực tiếp đến nghĩa vụ thuế và giá trị giao dịch.Doanh nghiệp có thể lựa chọn phương án xử lý như sau:

Phương án 1: Lập hóa đơn điều chỉnh

• Điều chỉnh tăng hoặc giảm các chỉ tiêu bị sai.
• Ghi rõ nội dung điều chỉnh cho hóa đơn số… ngày…

Phương án 2: Lập hóa đơn thay thế

• Xuất hóa đơn mới thay thế hoàn toàn hóa đơn cũ.
• Ghi rõ “Thay thế cho hóa đơn số… ngày…”

Khuyến nghị: Doanh nghiệp nên thống nhất với khách hàng trước khi lựa chọn hình thức điều chỉnh hoặc thay thế để tránh phát sinh vướng mắc trong kê khai thuế.

2. Kê khai bổ sung đối với hóa đơn điều chỉnh hoặc thay thế

Sau khi lập hóa đơn điều chỉnh hoặc thay thế, cả bên bán và bên mua cần thực hiện kê khai thuế theo đúng quy định.Nguyên tắc chung khi kê khai các hóa đơn thay thế, điều chỉnh là người bán và người mua thực hiện kê khai bổ sung vào kỳ phát sinh của hóa đơn gốc (hóa đơn bị sai).

Ví dụ:

• Hóa đơn lập tháng 03/2026.
• Tháng 06/2026 mới phát hiện sai sót và lập hóa đơn điều chỉnh.

➡ Doanh nghiệp phải khai bổ sung cho kỳ thuế tháng 03/2026.

Trường hợp đặc biệt

Đối với các hóa đơn điều chỉnh phát sinh từ thay đổi thực tế như:

• Quyết toán khối lượng công trình.
• Chiết khấu thương mại.
• Giảm giá hàng bán.
• Trả lại hàng hóa.
• Hoàn phí dịch vụ.

Cách kê khai đối với người bán:

• Kê khai tại kỳ phát sinh hóa đơn điều chỉnh.

Cách kê khai đối với Người mua:

• Kê khai tại kỳ nhận được hóa đơn điều chỉnh.

Đây không được xem là sai sót hóa đơn mà là phát sinh điều chỉnh từ giao dịch thực tế sau bán hàng.

3. Kê khai bổ sung thuế GTGT đầu vào khi phát hiện sai sót
Doanh nghiệp được quyền khai bổ sung trước thời điểm cơ quan thuế công bố quyết định thanh tra hoặc kiểm tra.

Đối với trường hợp làm tăng số thuế phải nộp

Hoặc:

• Giảm số thuế được hoàn.
• Giảm số thuế được khấu trừ.

Cách xử lý:➡ Kê khai bổ sung vào kỳ phát sinh sai sót.

Đối vơi trường hợp làm giảm số thuế phải nộp

Hoặc:

• Tăng số thuế được khấu trừ.
• Chỉ thay đổi số thuế khấu trừ chuyển kỳ sau.

Cách xử lý:➡ Kê khai vào kỳ phát hiện sai sót.

Kế toán cần rà soát hồ sơ thường xuyên để phát hiện và điều chỉnh sớm, tránh phát sinh tiền chậm nộp và các khoản xử phạt không đáng có.

4. Lưu ý quan trọng về chứng từ thanh toán
Một trong những lỗi thường gặp khiến doanh nghiệp bị loại chi phí hoặc không được khấu trừ thuế GTGT là thiếu chứng từ thanh toán hợp lệ. Quy định cần nhớ là từ 01/07/2025 trở đi, đối với hàng hóa, dịch vụ mua vào từ 5 triệu đồng trở lên (đã bao gồm thuế GTGT)  thì doanh nghiệp bắt buộc phải có chứng từ thanh toán không dùng tiền mặt.

Ví dụ:

✅ Chuyển khoản ngân hàng.

✅ Ủy nhiệm chi.

✅ Bù trừ công nợ

✅ Thanh toán qua ví điện tử hoặc các hình thức thanh toán điện tử được pháp luật chấp nhận.

❌ Thanh toán bằng tiền mặt sẽ không đáp ứng điều kiện khấu trừ thuế GTGT theo quy định.

Việc xử lý hóa đơn điện tử sai sót và kê khai bổ sung thuế GTGT đúng quy định là kỹ năng quan trọng đối với mỗi kế toán doanh nghiệp.Doanh nghiệp càng phát hiện sai sót sớm thì chi phí xử lý càng thấp và hạn chế tối đa rủi ro khi cơ quan thuế thanh tra, kiểm tra.