Thuế GTGT đối với nông sản từ 01/01/2026: Những điều doanh nghiệp cần biết

Từ ngày 01/01/2026, chính sách thuế giá trị gia tăng (GTGT) đối với sản phẩm trồng trọt, chăn nuôi, thủy sản, cây trồng và rừng trồng có nhiều điểm thay đổi quan trọng theo Luật số 149/2025/QH15.

Đây là nhóm hàng hóa mà rất nhiều doanh nghiệp, hợp tác xã, hộ kinh doanh và đơn vị thương mại thường xuyên mua bán. Tuy nhiên, chỉ cần xác định sai đối tượng mua hàng hoặc áp dụng sai thuế suất, doanh nghiệp có thể xuất hóa đơn sai, kê khai thuế sai và bị truy thu.

Vậy từ năm 2026, nông- lâm – thủy sản chịu thuế GTGT bao nhiêu phần trăm? Khi nào không chịu thuế? Khi nào không phải kê khai, tính nộp thuế? Hãy cùng Kế toán GINCO tìm hiểu chi tiết.

Căn cứ pháp lý

• Luật Thuế Giá trị gia tăng số 48/2024/QH15 hiệu lực từ ngày 01/07/2025
• Luật số 149/2025/QH15 sửa đổi, bổ sung Luật Thuế GTGT (có hiệu lực từ 01/01/2026)

Những sản phẩm được áp dụng

Chính sách này áp dụng đối với:

• Sản phẩm trồng trọt;
• Sản phẩm chăn nuôi;
• Thủy sản nuôi trồng, khai thác;
• Cây trồng;
• Rừng trồng.

Điều kiện là chưa chế biến thành sản phẩm khác hoặc chỉ qua sơ chế thông thường như:

• Rửa;
• Phơi;
• Sấy;
• Phân loại;
• Bảo quản;
• Đóng gói đơn giản…

Trường hợp 1: Doanh nghiệp trực tiếp sản xuất hoặc nhập khẩu

Theo quy định mới, khi tổ chức, cá nhân trực tiếp sản xuất, nuôi trồng, đánh bắt bán ra hoặc ở khâu nhập khẩu, các sản phẩm trên thuộc đối tượng không chịu thuế Gía trị gia tăng.

Cách xử lý

• Kê khai phần doanh thu tại chỉ tiêu [26] trên tờ khai thuế GTGT theo TT 80/2021.
• Không phát sinh thuế GTGT đầu ra.
• Thuế GTGT đầu vào liên quan đến hoạt động nhóm sản phẩm này KHÔNG được khấu trừ thuế.
• Xuất hóa đơn ghi: Không chịu thuế GTGT.

Ví dụ: Công ty A là doanh nghiệp trực tiếp trồng cây ăn quả và bán các sản phẩm như xoài, cam, bưởi… chưa qua chế biến hoặc chỉ qua sơ chế thông thường. Công ty A ký hợp đồng bán trái cây cho Công ty B, là doanh nghiệp chuyên sản xuất, chế biến thực phẩm thành các sản phẩm như trái cây sấy, trái cây đóng hộp, nước ép…

Trong trường hợp này, Công ty A là đơn vị trực tiếp sản xuất (trồng trọt) và bán sản phẩm ra thị trường. Do đó, khi xuất hóa đơn GTGT cho Công ty B, các sản phẩm trái cây của Công ty A thuộc đối tượng không chịu thuế GTGT theo quy định.

Trên hóa đơn, Công ty A ghi “Không chịu thuế GTGT”, không tính thuế GTGT đầu ra và kê khai doanh thu tại chỉ tiêu [26] trên tờ khai thuế GTGT theo quy định.

Lưu ý: Thuế GTGT đầu vào trực tiếp cho hoạt động không chịu thuế GTGT thì không được khấu trừ nhưng được ghi nhận là chi phí hoặc tính vào nguyên giá, giá gốc tài sản. Trường hợp hàng hóa, dịch vụ mua vào để sản xuất, phục vụ chung cho hoạt động vừa chịu thuế GTGT vừa không chịu thuế GTGT thì phải phân bổ theo tỷ lệ phần trăm doanh thu.

Trường hợp 2: Doanh nghiệp mua nông sản để bán lại cho doanh nghiệp hoặc hợp tác xã

Đây là nội dung mà rất nhiều doanh nghiệp dễ nhầm lẫn.

Nếu doanh nghiệp mua nông sản rồi bán cho:

• Doanh nghiệp;
• Hợp tác xã;
• Liên hiệp hợp tác xã

Thì không phải kê khai, tính nộp thuế GTGT. Điều này không đồng nghĩa với việc hàng hóa không chịu thuế.

Cách xử lý

• Kê khai phần doanh thu tại chỉ tiêu [32a] trên tờ khai thuế GTGT theo TT80/2021

• Thuế GTGT đầu vào tương ứng được khấu trừ
• Xuất hóa đơn ghi: KKTNT Viết tắt của “Không kê khai, tính nộp thuế GTGT”

Ví dụ: Công ty Y là doanh nghiệp trực tiếp chăn nuôi heo và bán heo hơi cho Công ty X. Sau khi mua heo, Công ty X thực hiện giết mổ, sơ chế thành thịt heo tươi sống và bán cho Công ty Z là hệ thống siêu thị.

Trong trường hợp này, thịt heo tươi sống là sản phẩm chỉ qua sơ chế thông thường, chưa chế biến thành sản phẩm khác. Do Công ty X bán hàng cho Công ty Z (là doanh nghiệp) tại khâu kinh doanh thương mại, nên khi xuất hóa đơn GTGT không phải kê khai, tính nộp thuế GTGT.

Trên hóa đơn, Công ty X ghi “KKTNT” (Không kê khai, tính nộp thuế GTGT) tại chỉ tiêu thuế suất và kê khai doanh thu vào chỉ tiêu [32a] trên tờ khai thuế GTGT theo quy định. Đồng thời, thuế GTGT đầu vào của hoạt động này vẫn được khấu trừ nếu đáp ứng đầy đủ điều kiện.

Phân biệt “Không chịu thuế GTGT” và “Không kê khai, tính nộp thuế GTGT”

Đây là hai khái niệm rất dễ gây nhầm lẫn.

Tiêu chí	Không chịu thuế GTGT	Không kê khai, tính nộp thuế GTGT
Thuế GTGT đầu ra	Không phát sinh	Không phát sinh
Thuế GTGT đầu vào	Không được khấu trừ mà chi nhận vào chi phí	Được khấu trừ
Kê khai tờ khai	Chỉ tiêu [26]	Chỉ tiêu [32a]
Ghi trên hóa đơn	Không chịu thuế GTGT	KKTNT

Đây là điểm doanh nghiệp cần đặc biệt lưu ý để tránh kê khai sai và mất quyền khấu trừ thuế.

Trường hợp 3: Bán cho cá nhân, hộ kinh doanh hoặc tổ chức khác

Nếu doanh nghiệp bán các sản phẩm trên cho:

• Cá nhân là người tiêu dung cuối cùng
• Hộ kinh doanh : Các tiểu thương, chủ cửa hàng tạp hóa, sạp chợ, quán ăn, hoặc cơ sở sản xuất quy mô nhỏ đăng ký kinh doanh theo hộ
• Tổ chức không phải doanh nghiệp, hợp tác xã, liên hợp tác xã : Các cơ quan nhà nước, tổ chức chính trị – xã hội, tổ chức phi chính phủ, đơn vị sự nghiệp, hoặc trường học/bệnh viện mua nông sản về để sử dụng, làm quà biếu, hoặc tổ chức bếp ăn tập thể.

Thì áp dụng thuế suất GTGT 5%

Cách xử lý

• Xuất hóa đơn GTGT, áp dụng thuế suất 5%.
• Kê khai doanh thu và thuế GTGT tại chỉ tiêu [30] , [ 31] trên tờ khai thuế GTGT theo TT 80/2021.
• Thuế GTGT đầu vào được khấu trừ theo quy định.

Ví dụ: Công ty H là doanh nghiệp nhập khẩu trái cây từ nước ngoài để kinh doanh. Sau khi nhập khẩu, Công ty H bán trực tiếp các loại trái cây này cho cá nhân tiêu dùng, cơ quan, đơn vị, tổ chức mua làm quà biếu hoặc phục vụ nhu cầu sử dụng.

Trong trường hợp này, khi Công ty H xuất hóa đơn GTGT cho các đối tượng trên thì sản phẩm trái cây áp dụng thuế suất thuế GTGT 5% theo quy định hiện hành.

Trên hóa đơn, Công ty H ghi thuế suất GTGT 5%, kê khai và nộp thuế GTGT theo quy định. Đồng thời, thuế GTGT đầu vào được khấu trừ nếu đáp ứng đầy đủ các điều kiện khấu trừ theo pháp luật về thuế GTGT.

Để doanh nghiệp hiểu rõ hơn về cách xác định đối tượng không chịu thuế GTGT, không kê khai, tính nộp thuế GTGT và trường hợp áp dụng thuế suất 5%, dưới đây là nội dung hướng dẫn tại Công văn số 2269/CT-CS của Cục Thuế về chính sách thuế GTGT đối với hoạt động mua bán sản phẩm trồng trọt, chăn nuôi, thủy sản và rừng trồng.

Doanh nghiệp mua nông sản của nông dân cần chuẩn bị hồ sơ gì?

Khi doanh nghiệp mua trực tiếp từ:

• Nông dân;
• Ngư dân;
• Người trực tiếp sản xuất;

cần lưu ý chuẩn bị đầy đủ hồ sơ để đảm bảo tính hợp lệ của chi phí và thuế:

✔ Lập Bảng kê mẫu số 02 theo quy định.

✔ Thanh toán không dùng tiền mặt đối với khoản thanh toán từ 5 triệu đồng trở lên.

✔ Lưu bản sao CCCD của người bán.

✔ Có căn cứ chứng minh người bán là người trực tiếp sản xuất như:

• Xác nhận quyền sử dụng đất;
• Giấy xác nhận hoạt động nuôi trồng;
• Giấy đăng ký tàu cá hoặc các tài liệu chứng minh khác (nếu có).

Một số sai sót doanh nghiệp thường gặp

❌ Xuất hóa đơn 5% khi bán cho doanh nghiệp.

❌ Ghi “Không chịu thuế” thay vì “KKTNT”.

❌ Không phân bổ thuế GTGT đầu vào.

❌ Kê khai sai chỉ tiêu trên tờ khai thuế GTGT.

❌ Không lưu đủ hồ sơ khi mua hàng từ người trực tiếp sản xuất.

Những sai sót này có thể khiến doanh nghiệp bị loại chi phí, điều chỉnh thuế hoặc xử phạt khi cơ quan thuế kiểm tra.

Kết luận

Việc thay đổi chính sách thuế GTGT đối với nông sản từ ngày 01/01/2026 không chỉ ảnh hưởng đến việc xuất hóa đơn mà còn tác động trực tiếp đến quyền khấu trừ thuế GTGT đầu vào, cách kê khai và hồ sơ chứng từ của doanh nghiệp.

Do đó, doanh nghiệp cần xác định đúng:

• Đối tượng mua hàng;
• Hình thức kinh doanh;
• Thuế suất áp dụng;
• Cách lập hóa đơn;
• Chỉ tiêu kê khai trên tờ khai thuế GTGT.

Thực hiện đúng ngay từ đầu sẽ giúp doanh nghiệp hạn chế rủi ro về thuế và tránh các khoản truy thu, xử phạt không đáng có.

Kế toán GINCO – Đồng hành cùng doanh nghiệp trong lĩnh vực thuế và kế toán

Chính sách thuế thay đổi liên tục, chỉ một sai sót nhỏ trong hóa đơn hoặc kê khai cũng có thể khiến doanh nghiệp chịu nhiều rủi ro.

Kế toán GINCO cung cấp dịch vụ:

• Tư vấn thuế và kế toán doanh nghiệp.
• Kê khai, quyết toán thuế.
• Rà soát hồ sơ, hóa đơn, chứng từ.
• Đồng hành giải trình với cơ quan thuế.

📞Hotline: 0987 192 097

🌐 Website: https://ketoanginco.vn